Helgeandsholmen har en lång och skiftande historia som sträcker sig tillbaka till medeltiden. Namnet kommer från det helgeandshus (ett slags hospital och vårdinrättning) som grundades på ön under tidigt 1300-tal, sannolikt på initiativ av Magnus Eriksson eller givmilda borgare. Under medeltiden var ön mindre och bestod av flera mindre holmar som genom landhöjning och fyllnadsarbeten växte samman. Helgeandsholmen tjänade under lång tid inte bara som vårdplats utan även som kunglig trädgård och för militära ändamål.

Under stormaktstiden förändrades öns karaktär radikalt då De la Gardie och andra adelsmän uppförde storslagna palats här, såsom det palats som senare revs för att lämna plats åt statliga byggnader. Det mest omvälvande kapitlet för Helgeandsholmen inleddes i slutet av 1800-talet då det beslutades att Riksdagshuset och Riksbanken skulle uppföras på öns södra respektive norra del. Arkitekten Aron Johansson ritade det mäktiga riksdagshuset i nybarock stil, vilket stod färdigt år 1905 och kom att prägla hela öns silhuett mot omgivande vatten.

Ett av de mest dramatiska arkeologiska kapitlen i modern tid utspelade sig under åren 1978–1980 i samband med den så kallade Riksgropen. När riksdagshuset skulle byggas om och ett nytt garage uppföras genomfördes omfattande utgrävningar. Arkeologerna fann då tusentals skelett från det medeltida hospitalets kyrkogård, lämningar efter Stockholms stadsmur från 1500-talet samt rester av äldre bebyggelse. Fynden gav ovärderliga insikter i stockholmarnas hälsa, sjukvård och levnadsförhållanden under medeltiden.

Idag är Helgeandsholmen hjärtat i Sveriges politiska makt, där Sveriges riksdag samlas för att fatta landets lagar. På ön ligger också Medeltidsmuseet, som byggdes upp kring de unika fornlämningar som påträffades i Riksgropen. Besökare kan idag vandra bland välbevarade murverk från 1500-talet och uppleva den unika skärningspunkten mellan det medeltida Stockholm och den moderna demokratins centralförvaltning.