Karolinska Institutet grundades under 1810 av Karl XIII med det ursprungliga namnet "Mediko-kirurgiska institutet". Syftet var att avhjälpa bristen på skickliga fältskärer och läkare efter de förluster som drabbat landet i krig, bland annat under kriget mot Ryssland. Skolan bildades genom att utbildningen vid Theatrum Anatomicum och tidigare kirurgiska samfund sammanfördes i Stockholm.

År 1822 erhöll institutionen rang som universitet och knöts närmare den medicinska vetenskapen, vilket innebar att studenterna kunde avlägga läkarexamen. Under Jöns Jacob Berzelius tid som professor kom skolan att spela en central roll inom den kemiska och medicinska forskningen i Europa. Berzelius införde nya laboratorievetenskapliga metoder som lade grunden för den moderna medicinen i Sverige.

Sedan 1901 har Karolinska Institutet haft det ärofyllda och grannlaga uppdraget att utse Nobelpristagare i fysiologi eller medicin. Detta har befäst institutionens ställning som ett globalt centrum för medicinsk vetenskap. Verksamheten, som idag till stor del bedrivs i Solna och Huddinge, präglas av en nära koppling mellan grundforskning, klinisk medicin och sjukvård i samverkan med Karolinska Universitetssjukhuset.